Tog- og færgetrafikken kom til at leve et usikkert liv i skyggen af brospørgsmålet. Bilover-førslerne på Halsskov-Knudshoved ruten steg fortsat, fra godt 1 mio. i 1960/61 til godt 2 mio. i 1972/72. I 1961-62 indsattes yderligere to dobbeltdækkerfærger, og færgehavnen blev udbygget med et ekstra færgeleje i 1963 til den første tredækkerfærge ”Arveprins Knud”. Oliekriserne i 1970’erne medførte, at væksten i antallet af overførte biler blev mindre end forudset. I 1995 overførtes små 2,5 mio. Dette gjorde det lettere for Statsbanerne at klare overgangssituationen, indtil den faste forbindelse kunne tages i brug. I 1973 anskaffedes endnu en tredækkerfærge; senere chartredes færger. Fra sommeren 1993 var der afgang hver halve time.
Togruten Korsør-Nyborg kunne ikke klare ventetiden uden en modernisering. Allerede i 1966 blev et afgørende skridt taget til at forbedre godstrafikken, da motorfærgen ”Asa-Thor” blev indsat. Den var indrettet til kun at overføre godsvogne og kunne medtage et helt godstræk på ca. 40 vogne. Antallet af overførte godsvogne faldt dog fra slutningen af 1970’erne. Antallet havde bortset fra nogle år i 1960’erne ligget nogenlunde konstant på 3-400.000. For at kunne konkurrere med bilbefordring af gods måtte Statsbanerne gøre sin godsbefordring hurtigere. Den rationalisering, der skete, reducerede antallet af stykgodsterminaler, og i 1988 ophørte godsoprangeringen i Korsør.
Passagertrafikken måtte også moderniseres bl.a. med hurtigere forbindelser. Allerede i begyndelsen af 1960’erne ophørte togene med at standse i Svenstrup og Forlev. En af de største milepæle i jernbanetrafikken i nyere tid var K74 projektet, der i 1974 indførte intercitytog med faste minuttal hver time for stationerne mellem København og Århus og en gradvis tilpasning af resten af togtrafikken til dette system. Alle intercitytogene blev overført med færgerne over Storebælt, og overfartstiden blev sat ned med indsættelsen af to nye færger med kraftigere maskineri. Disse skulle sammen med den nyeste af de hidtidige færger klare passageroverførslen.
Ruten oplevede da også en kraftig stigning i passagertallet fra slutningen af 1970’erne nok ikke uden sammenhæng med de høje energipriser. Passagertallet på Hals-skov-Knudshoved ruten, som var steget fra 3,1 mio. i 1960/61 til 5,8 mio. i 1977/78 med et mindre dyk midt i 1970’erne som følge af den første oliekrise, faldt omkring 1980 til under 5 mio. Samtidig steg passagertallet på Kor-sør-Nyborg ruten til over 4 mio., et tilsvarende højt tal skulle man helt tilbage til midt i 1950’erne for at finde.
Den næste store ændring i jernbanefærgedriften skete med indsættelsen af de tre nye firesporede intercityfærger i 1980-81. Det var nødvendigt at anlægge et nyt bredt færgeleje (leje 4) med en bred færgeklap, der muliggjorde rangering til og fra færgerne med to togstammer samtidig. Færgerne sikrede en hurtig ekspeditionstid i havnene og kunne rumme langt flere togvogne end de øvrige færger. Overfarten kunne herefter betjenes af de tre nye intercityfærger, ”Asa-Thor” og en reservegodsfærge, og udrangeringen af de ældre færger gik nu stærkt. Den var begyndt så småt i sidste halvdel af 1960’erne. I 1974 blev isbryderfærgen ”Holger Danske” solgt. Færgerne kunne normalt klare isen, og der blev truffet aftale om assistance med Statens Istjeneste, hvis der skulle opstå problemer, således som det skete i 1979.
