Også administrativt hørte Korsør hjemme i den nederste ende. Købstadsforordningen fra 1422 bestemte, at hver købstad skulle styres af to borgmestre og alt efter byens størrelse af seks til tolv rådmænd. Korsør synes ikke at have haft mere end én borgmester og fire til fem rådmænd. Kongen var øverste myndighed over købstæderne; men de havde et betydeligt lokalt selvstyre og udgjorde egne retskredse. Domstolen var bytinget, og herover stod Slagelse herredsting. Hemmeshøj var muligvis tingsted for dette. Lokaliteten Tinget på Stude Mark kan måske henføres hertil.
Rådmænd og borgmestre blev valgt af og blandt byens købmænd. Håndværkerne kunne ikke være rådsmedlemmer, da bystyret skulle kontrollere håndværkene. Desuden skulle det bl.a. regulere torvehandlen, foretage skatteligning og håndhæve privilegiernes bestemmelser. Kongens repræsentant i byen var byfogeden, der skulle sørge for opretholdelse af ro og orden. Han ledede bytingets forhandlinger og var ansvarlig over for kongen med hensyn til opkrævning og indbetaling af kongelige skatter, told mv. Bystyret fik ret til at indsætte en af byens borgere som byfoged. Byerne var således relativt selvstyrende enheder økonomisk og juridisk, selv om de var underlagt kongen.
Borgene eller slottene i byerne var kongens. De var sæde for lensmændene, der var udpeget af kongen. Korsør Slot var residens for lensmanden over Korsør len. Landet var inddelt i len. Hovedlenene omfattede et eller flere herreder og havde normalt et slot som administrativt centrum. I Vestsjælland var der tre hovedlen, Holbæk, Kalundborg og Korsør. Foruden at være administrator af krongodset skulle lensmanden oppebære kronens indtægter og føre tilsyn med retsplejen. Lensmanden skulle desuden vedligeholde slottet, forsyne det med den nødvendige besætning og stille med et antal bevæbnede svende i tilfælde af krig. Han skulle endvidere beværte kongen og hans følge, når kongen var på rejse.