Skolevæsenet hørte til det kirkelige område og var derfor også ordnet ved kirkeordinansen 1539. Der skulle være én og kun én latinskole i hver købstad, hvor der også blev undervist i bl.a. dansk læsning For dem der ikke kunne lære latin, skulle der oprettes skriveskoler. De skulle i modsætning til latinskolerne være for både drenge og piger. Der kendes ingen skriveskoler i Korsør. Om søndagen gav høreren i Korsør i hvert fald i slutningen af 1600-tallet den jævne befolknings børn en nødtørftig indføring i kristendomskundskab. På landet påhvilede det degnene at undervise ungdommen i børnelærdommen én gang om ugen.
Latinskolerne blev drevet ved indtægter fra legatkapitaler og ejendomme og tilskud fra byen. Skolen i Korsør fik f.eks. et legat af Frederik III (1648-70) i 1666 og i 1685 et legat på 100 rdl. af rådmand Iver Iversen i taknemmelighed for, at han undslap forlis i Vesterhavet. Skolen ejede sammen med flere andre en gård på 22 fag i to etager og 9 fag i én etage nær kirken i Korsør. Det var en fattig skole.
Skolens elever, peblinge, sang formentlig ved gudstjenester o.lign., hvilket gav skolen indtægter. Selv blev de delvis forsørget af skolens indtægter; men de havde også ret til at tigge. Nogle var på kost hos byens borgere. Skolen i Korsør benyttedes kun i ringe grad som direkte adgangsvej til videre studier. Efter 1611 findes fortegnelser over de elever, der blev dimitteret til Københavns Universitet, hvor studentereksamen, examen artium, blev aflagt. Korsør Latinskole dimitterede frem til 1700 ingen elever.
Lærerkorpset bestod i begyndelsen kun af rektoren, fra engang i 1600-tallet af en rektor og en hører. Rektorstillingen var helt frem til slutningen af 1600-tallet typisk en gennemgangsstilling til præsteembeder, nogle i Korsør. Rektoren var i hvert tilfælde fra midten af 1600-tallet tillige kordegn. I 1648 var høreren tillige degn i Vemmelev og Hemmeshøj. Han lod imidlertid embedet passe af en substitut, men beholdt de fleste indtægter selv.
