Havnen var præget af talrige mindre fartøjer. Der var en del udenlandske skibe; men skudehandlen var formentlig dansk. 1628/29 betalte danske købmænd 420 rdl. i told i Korsør, udenlandske 399 rdl. De små skuder og både, der dette år betalte told, var fra København, sjællandske og fynske havnebyer, Lolland-Falster og andre større øer samt Skåne, Blekinge og Norge. De korsoranske skibe sejlede foruden på kortere rejser også til København, Lübeck, Kiel, Flensburg og det sydlige Norge.
Mange skibsejere var købmænd, og det var meget almindeligt, at der var flere ejere om et skib, også de mindre. Mange af Korsørs mindste skibe havde dog kun én ejer. Besætningen på skibene var for de større typisk en skipper, to bådsmænd og én dreng. De mindre fartøjer havde normalt en skipper og en bådsmand.
Et indtryk af Korsørs skibsflåde under Svenskekrigen 1658-60 fås af opgørelsen over, hvad svenskerne skyldte for tjenester og ødelæggelser. I opgørelsen figurerer 2 smakker, 2 spiljagter, 3 færgeskuder, 4 skuder, 1 galiot, 1 bojert samt flere robåde. 1671 bestod Korsørs skibsflåde af 3 smakker på henholdsvis 20, 15 og 8 læster, 1 spiljagt (postjagten) på 8 læster. 1 galiot på 12 læster, 3 skuder, hvoraf de to var på 12 læster og den ene på 10, og 3 både på henholdsvis 4, 2,5 og 2 læster.
Ved Korsør toldsted var der i 1677 11 skibe på tilsammen 204,5 læster, to år senere var tallet faldet til 8 og 161 læster, og efter yderligere to år, i 1681, var der 10 skibe, men nu kun på tilsammen 109 læster. I 1690 var der hele 14 skibe med tilsammen 161,5 læster. De fleste skibe lå mellem 10 og 19 læster. I slutningen af 1680’erne var borgmester Hans Andersens krejert ”St. Jacob” på 20 læster exemtionsskib, et mindre defensionsskib. Et sådant skib havde toldlettelse til gengæld for, at det skulle kunne udrustes til flådeskib.