Færgefarten var fortsat tæt knyttet til havnen. Færgelavenes koncession på bæltoverfarten fra 1844 blev tilbagekaldt allerede i 1856, da der var utilfredshed med overfartsforholdene med kun én dobbelttur daglig. Postvæsenet overtog atter overfarten. Det havde allerede i 1847 oprettet en rute mellem Korsør og Kiel ud fra den kalkulation, at trafikken til Hamburg ville komme til at gå den vej. Med åbningen af jernbanen blev Korsør centrum i det danske dampskibsnet. I 1863 besejlede fem postdampskibe, alle hjuldampere, og nogle marineskibe ruterne Korsør-Nyborg, Korsør-Kiel og Korsør-Århus. Skibene anløb kajen ud for banegården. Der var én daglig forbindelse til Århus og Kiel og to daglige postskibsafgange til Nyborg. 1868 afgav postvæsenet Århusruten til DFDS; Kalundborg-Århus ruten var åbnet samme år, og det var naturligt, at posten gik den vej. 1867 anskaffede postvæsenet en skruedamper. Banen Nyborg-Middelfart åbnedes 1865, og det betød en stærk stigning i passagertallet over Storebælt. Der sejledes tre dobbeltture daglig. 1866 overførtes 16.600 passagerer, i 1879 86.000.