Jernbanens forlængelse til Korsør fik også betydning for havnen. Selv om jernbanen tog noget af godset fra havnen, havde den dog udbytte af jernbanens tilstedeværelse, især som importhavn for Vestsjælland, men i mindre grad også som eksporthavn til udlandet.
I 1856 blev havnen anløbet af 1.383 skibe, i 1875 af 1.529, i 1895 af 1.693 og i 1913 af 1.505. Det samlede antal skibe var nogenlunde konstant; men andelen af dampskibe steg betydeligt fra 40 % i 1856 til 85 % i 1913. Sejlskibene fik en opblomstring efter 1. verdenskrig. Især i 1920 sydede havnen af aktivitet. Der indkom 1.038 skibe, heraf de 908 sejlskibe. Den 9.9. lå ikke mindre end 46 skibe i Korsør havn, fordelt på 6 dampskibe, 2 fuldskibe, 3 barkskibe, 1 firemastet skonnert, 2 tremastede skonnerter og 32 mindre skibe. Efter verdenskrigen og frem til omkring 1960 svingede antallet af skibsanløb omkring 1.000.
De indkomne skibes bestuvning steg jævnt i 1800-tallets sidste halvdel fra 32.288 tons i 1856 til 57.167 tons i 1895. Frem mod 1. verdenskrig steg godsmængden voldsomt. 1913 indkom 103.719 tons. Efter at krige og depressioner havde påvirket aktiviteten ved havnen, var den ankomne godsmængde i 1950’erne ca. 200.000 tons. Hovedparten af den tilførte godsmængde kom fra udlandet, i 1856 65 %, i 1875, 1895 og 1913 over 90 % og i 1952 80 %. Korsør havn var en udpræget importhavn. I sidste halvdel af 1800-tallet udgjorde importen typisk 70-75 % af den samlede omsatte godsmængde, i 1900-tallets første halvdel typisk over 85 %.
Den vigtigste importvare over Korsør havn var gennem hele perioden kul. Mængden af importeret kul steg fra ca. 17.000 tons i 1856 over ca. 37.000 tons i 1885 til ca. 87.000 tons i 1905. I årene omkring 1900 gik 3-5 % af Danmarks samlede kulimport over havnen i Korsør. I 1915 ankom ca. 119.000 tons og i det usædvanligt gode år 1920 194.000. Efter krisen i 1920’erne og 1930’erne og besættelsen var den importerede mængde kul, koks og cinders igen oppe på ca. 121.000 i 1950/51. Det kunne mærkes på kulimporten, at Statsbanerne begyndte at gå over til diesel fra 1927. Korsør havn var gennem hele perioden importhavn for trælast og fra 1893 for petroleum. 1895 havde Korsør havn 5 % af landets samlede petroleumsimport. Importen af flydende brændstof oplevede en kraftig stigning i 1930’erne.
Landbrugsomlægningen fra 1870’erne fra kornproduktion til husdyrhold sporedes tydeligt i trafikken på havnen. Endnu frem til midt i 1890’erne eksporteredes korn over Korsør havn med England som vigtigste aftager. I 1856 eksporteredes ca. 10.000 tons korn, i 1885 ca. 3.000 tons og i 1895 kun ca. 300 tons. I 1880’erne begyndte udførsel fra havnen af forædlede landbrugsprodukter som flæsk, kød, æg og smør til England; men Korsør fik aldrig for alvor del i denne eksport. En særlig eksportrute, Korsør-London ruten, som de sjællandske slagterier stod bag i 1925, måtte allerede stoppe i 1926.
Det stigende behov for husdyrfoder kunne kun klares med import, og fra 1890’erne begyndte import af korn og foderstoffer at præge Korsør havn. I begyndelsen var det foruden korn og forskellige foderkager majs og klid. I 1907 importeredes ca. 24.500 tons oliekager, klid, majs, rug og hvede, i 1915 godt 52.000 tons foderstoffer og i 1930/31 næsten 102.000 tons. Fra 1930’erne faldt mængden, som i 1955/56 var på 38.500 tons.
Korsør havn var eksporthavn for levende dyr. Denne eksport var stærkt svingende. Den var udsat for mange importrestriktioner bl.a. som følge af mund- og klovesyge. Indtil 1895, hvor Tyskland stoppede for import af svin, blev 10-20 % af den danske svineeksport udskibet i Korsør. Eksporten steg fra ca. 6.000 stk. i 1865 til ca. 50.000 i 1883, knap 70 % af svineeksporten fra sjællandske provinshavne. Efter en mindre nedgang kulminerede den med godt 67.000 i 1892. I sidste tredjedel af 1800-tallet og begyndelsen af 1900-tallet var der også en ret pæn eksport af hornkvæg over Korsør havn, især i begyndelsen af 1890’erne med f.eks. ca. 18.500 i 1890. I begyndelsen af 1900-tallet udskibedes ret konstant godt 3.000 kreaturer om året til Tyskland. Korsør var imidlertid ved at miste sin status som Sjællands største og bedste eksporthavn for levende kreaturer, da den ikke levede op til myndighedernes krav om faciliteter f.eks. eksportstald. En sådan stod klar på Lilleøgården fra 1927; men i 1930’erne udførtes kun 2-300 kreaturer om året, og eksporten stoppede helt. Der blev til gengæld fra 1935 mulighed for at eksportere overvægtige svin til Tyskland. Man lagde ud med ca. 10.000 i 1935. Året efter, hvor der opførtes svinestald på Jernbanevej, blev ca. 51.000 svin sendt til Tyskland over Korsør. Mellem 2. verdenskrig og 1950’erne var der en pause i eksporten, der derefter atter blev betydelig. I 1960/61 eksporteredes ca. 38.000 svin.
