Den økonomiske opgang, der var startet omkring 1500, fortsatte og var særlig stor i begyndelsen af 1600-tallet. Den internationale handel blomstrede. Købmændene havde forbindelser langt ud over lokalområdet. Et par årtier ind i 1600-tallet fik denne tilstand et alvorligt knæk med afsætningsvanskeligheder og mange krige med ødelæggelser og skatteudskrivninger. Resultatet blev et forarmet samfund med befolkningsnedgang.
Det store knæk kom med de to Carl X Gustavkrige eller Svenskekrigene (1657-60). Landbruget var hårdt ramt, handelen og skibsfarten lammet. Folk havde mistet deres produktionsmidler og deres formue. Samfundsordenen var også til dels sat ud af kraft, så der ikke alene skulle en økonomisk, men også en moralsk genrejsning til. Korsørs borgere udtalte i 1660, at de havde håbet på bedre forhold efter freden; men de så snart ingen anden udvej end at forlade byen med kone og børn. Mange var allerede draget bort, og de fleste af dem, der var tilbage, var meget forarmede. Epidemi efter epidemi gjorde ikke situationen bedre.
Den foretagsomhed, der havde karakteriseret perioden før krigen, kom ikke igen og fik et yderligere knæk med enevældens indførelse i 1660 og deraf følgende mange regulerende love og en favorisering af hovedstaden. Før landet for alvor var kommet til kræfter, bragte Skånske Krig (1675-79) nye tab. En grundtaksering 1682 viste byer i forfald med mange øde steder. I Korsør var ca. 10 % af ejendommene øde. Det var små huse, men også fire store gårde. Byerne blev selvhjulpne enheder, der satsede lokalt. I mangt og meget lignede de landsbyer.