I kirkelig henseende forblev Korsør og Tårnborg sammen indtil 1949, hvor Tårnborg blev eget pastorat. Forhandlinger i 1895-97 om udskillelse af Tårnborg førte til, at der i 1897 oprettedes et kaldskapellani. Stillingen som kaldskapellan ændredes i 1928 til en residerende kapellan. Embedet som ordineret kateket blev nedlagt i 1887, og indtil 1895 fik sognepræsten tilskud til at have en hjælpepræst eller personlig kapellan.
Skt. Gertruds Kirke blev ved et syn i 1863 fundet så forfalden, at den krævedes lukket. Indtil 1871 var de kirkelige handlinger henlagt til et magasin til en købmandsgård i Brogade 7 og kirkeklokkerne anbragt i en klokkestabel på Kirkepladsen. Professor J.D. Herholdt blev bedt om at lave et projekt til en ny kirke. Hans første udkast vakte begejstring; men økonomien rakte ikke til en så imponerende bygning. Et mere beskedent andet udkast blev godkendt og bygningen påbegyndt i 1869. 1871 stod den nye Skt. Povls Kirke færdig. Tårnets oprindelige sadeltag blev i 1925 erstattet af et spir efter en indsamling, der var startet i 1910.
Den kirkelige interesse var ikke stor i Korsør og endnu mindre i Tårnborg. I Korsør blev det religiøse liv mere intenst i en mindre kreds, da Indre Mission kom til byen i 1880’erne og byggede missionshus i 1889. Præsterne hældede fra slutningen af 1800-tallet mod Indre Mision. Før den tid havde grundtvigianismen præget embedet. Der opstod nogen uro, da der i 1952 udnævntes en residerende kapellan, der ikke var indremissionsk. Der skete en åndelig vækkelse i Korsør i 1920’erne, da sekter som Pinsemissionen, Jehovas Vidner og Frelsens Hær fik fodfæste. I Vemmelev-Hemmeshøj udviklede det grundtvigske liv sig allerede fra 1850’erne, og pastoratet forblev overvejende grundtvigiansk. Den kirkelige interesse var relativt stor i dette pastorat, størst i Vemmelev.
Sammensætningen af menighedsrådene, indført 1903, afspejler disse tendenser. I 1926 bestod menighedsrådet i Korsør af 8 indremissionske og 7 upolitiske medlemmer og i Tårnborg af 7 upolitiske, mens det i Vemmelev og Hemmeshøj bestod af grundtvigianere. I 1949 var rådene blevet mere åbenlyst politisk præget med 7 socialdemokrater, 1 radikal, 1 grundtvigianer, 2 indremissionske og 4 upolitiske i Korsør, 2 socialdemokrater og 5 grundtvigianere i Tårnborg og 2 socialdemokrater, 9 grundtvigianere og 2 indremissionske i Vemmelev-Hemmeshøj.
Landsbykirkernes ejerforhold undergik en forandring, fremskyndet af loven fra 1903 om tvungen tiendeafløsning. Hemmeshøj Kirke, der hørte under Tårnholm, overgik til selveje 1911. For Tårnborg Kirke, der i 1866 var overgået fra Tårnborg Hovedgård til Tårnholm, skete overgangen til selveje i 1925. Vemmelev Kirke forblev under Holsteinborg helt til 1953.