Luthers lære afløste katolicismen ved reformationen 1536. Ud over at reformationen senere er blevet sat som afslutning på middelalderen i Danmark, betød den en afgørende ændring i troslæren, i gudstjenesteformen og for skolevæsenet. Endvidere blev kronens jordejendom kraftigt forøget ved overtagelse af bispe- og klostergods. I Korsørområdet har man næppe følt noget brud, selv om prædiken, salmesang og altergang nu blev grundelementerne i gudstjenesten, og denne blev holdt på dansk. Korsør havde ikke haft klostre, den katolske præst fortsatte som luthersk præst, og der skulle stadig betales tiende, selv om det ikke længere var til bispen, men til kongen. Kirkens forhold ordnedes ved reces 1537 og kirkeordinansen 1539.
Tårnborg Kirke fortsatte efter reformationen som anneks til Korsør og med samme sognepræst. 1547 pålagde kongen præsten at holde kapellan, der skulle bo i Korsør, men betjene Tårnborg. Omkring 1572 fik han tilladelse til at bosætte sig ved kirken. I 1670 blev det på sognepræstens anmodning ordnet således, at kapellanen skulle have fast bopæl i Korsør, men kunne bo i anneksgården i Tårnborg, når han ikke havde embedsforretninger i Korsør. Denne ret ophørte imidlertid i 1678. Den direkte anledning var større arbejdspres i Korsør på grund af Skånske Krig med daglig passage af mange mennesker. 1682 boede kapellanen til leje i et hus, som bl.a. latinskolen ejede. Ordningen blev dog ikke håndhævet. Siden 1689 boede kapellanen reelt i anneksgården.
Der var mange gudstjenester at forrette. Foruden højmessen på søn- og helligdage var der f.eks. froprædiken, aftensang, onsdagsprædiken, passionsprædikener og bededagsgudstjenester. Det var en forseelse, hvis folk holdt sig væk fra nadveren, ikke fik børn døbt til den foreskrevne tid eller udeblev fra prædikenen. Anden bededag i 1655 opdagede nogle udsendte mænd, at en kvinde ikke var gået i kirke. Kvinden påstod, at hun sagtens kunne nå i kirke; men de tvang hende med, og det kom til håndgemæng og grove beskyldninger. Endvidere brugte hun ukvemsord i kirken.