Overfarten havde stadig en mistelten at tage i ed, isvintrene. Fra 1850 til 1893 var der erklæret isbådstransport i 17 af årene. Dette betød, at overfartens normale funktioner ophørte. Især årene 1855, 1865, 1870/71 og 1881 var hårde med isbådstransport i 2-3 måneder. En tur tog normalt 4-5 timer, men kunne klares på kortere tid. Undertiden var det kun nødvendigt at fragte passagererne ud til et ventende dampskib. I 1858 var der 11 både og 1 jolle på hver side af Bæltet og 1 båd og 1 jolle på Sprogø. Til hver båd var der en besætning på fire mand og en bådfører.
Forholdene var dårlige for passagererne, og da Statsbaner--ne overtog etablissementerne på Halsskov Rev, Sprogø og Knudshoved fra postvæsenet i 1883, lagdes stikbane til Revet, og der byggedes stationsbygninger. Statsbanerne havde 1883-94 anskaffet fem skrueisbrydere. Den ene var en isbryderfærge, der foruden passagerer også kunne medtage jernbanevogne. Isbryderne var ikke stærke nok til at klare store ismængder, så isbådstransporterne måtte fortsætte. Efter at Statsbanerne havde overtaget driften, var det dog kun i årene 1888 og 1893, at det var nødvendigt at føre isbådene hele vejen over Bæltet. De øvrige isvintre var isbådene i brug fra land til iskant, hvor isbryderne ventede. Ved århundredskiftet var stationeret 36 isbåde på Halsskov.
Vintrene blev mildere. Mellem 1893 og 1922 var isbådene ikke i brug og i 1922 kun i kort tid. At der ikke var erklæret isbådstransport betød ikke, at jernbanefærgerne sejlede. Isbryderdampskibene besejlede Bæltet med passagerer og lidt gods. I februar 1929 måtte isbryderne dog give op, og Statsbanerne måtte for sidste gang sætte isbåde ind. Politikerne fik øjnene op for, at der måtte bedre færger og en forbedret isbrydertjeneste til. Stationen på Halsskov Rev blev nedlagt omkring 1937, og da færger og isbrydere måtte give op i 1940, ville Statsbanerne ikke erklære isbådstransport. En gruppe Korsørfiskere organiserede en privat isbådstransport, der udgik fra Sylowsvej. Den fungerede det meste af februar. Flere vognmænd satte biler i fast rutefart over isen. Også vinteren 1941 blev hård. Endelig i 1942 fik Statsbanerne en ny isbryder ”Holger Danske” til Storebæltsoverfarten, og med den kunne overfarten holdes i gang i de næste isvintre 1947, 1954 og 1956. Færgernes maskineri var efterhånden også så stærkt, at de normalt kunne klare isen.
