Havnen var også dengang en integrerende del af byen. Havnefaciliteterne bestod af Gamle Bro, Nybro og kåsen. Gamle Bro eller Færgebroen var et bolværk på pynten nord for slottet, hvorfra færgefarten til Nyborg og til Halsskov udgik. Den omtales i 1553. For kronens regning fik Korsør i 1576 en ny færgebro. Tømmeret til en god, fast bro skulle hugges i Korsør lens skove. Nybro eller Skibsbroen lå for enden af Brogade og brugtes fortrinsvis af handelsskibe. 1575 havde lensmanden over Bohus Len fået ordre fra kongen om, at han gratis skulle udlevere egetømmer og –stolper, som kongen havde foræret Korsørs borgere til at bygge denne bro af. Efter Svenskekrigen meddelte Korsør, at skibsbroerne, som byen kort før for egen regning havde fornyet, var ødelagt. 1664 anviste kongen midler til bygning af en ny skibsbro og til reparation af Færgebroen. Ved kåsen på Halsskov over for slottet var der anløbsbro.
Korsør havn blev i høj grad anvendt i kongens tjeneste. Der skulle stadig forsyninger til Korsør Slot og til Antvorskov Slot samt til Københavns Slot og regeringskontorerne i hovedstaden. Det var lettere at sejle tunge varer til København end at køre dem tværs over Sjælland. Også en del af kongens handel med private, f.eks. salg af malt og korn, fandt vej over havnen i Korsør. Der lossedes typisk bygningsmaterialer som mursten, kalk og tømmer samt fødevarer, f.eks. salt, fisk og vin og desuden havre, der blev brugt som foder til kongens heste. Nogle af varerne kom fra København og skulle måske videre til Antvorskov. Tømmeret til bygningsbrug kom fra Gotland. Havren blev lagt i magasin på slottet og eventuelt senere kørt til Antvorskov.
Der var stor udskibning af tømmer fra de vestsjællandske skove. Det blev sejlet til København til skibsbygning. Også brænde fra skovene på Vestsjælland blev fragtet til København til opvarmning af slot og kontorer. Levnedsmidler som mel, gryn, brød, flæskesider, gåsekroppe og smør sejledes fra Korsør til brug i den kongelige husholdning. Fra kåsen sejledes meget brænde, tørv, hø, strøelse og foder til slottet.