Korsør havn var som mange andre havne plaget af tilsanding, og bolværker og broer skulle holdes ved lige; men i modsætning til andre havne nød Korsørs havn politisk velvilje på højeste sted, fordi den var et overfartssted, kongen selv benyttede, og fordi den blev anvendt ved troppetransporter. Havnen fik derfor tildelt rigelige indtægter til vedligeholdelse, og disse indtægter hav--de endda den fordel, at en stor del af dem tilfaldt borgmester og råd.
1749 blev en reparation presset igennem, fordi kongen skulle passere byen på sin Norgesrejse, og da to kavallerikompagnier gik på grund i 1758, da de skulle føres over Bæltet, blev der givet mulighed, for at byen kunne anskaffe en muddermaskine. Muddermaskinen, der blev drevet ved menneskekraft ved hjælp af en trædemølle, fungerede effektivt i 1760’erne; men herefter kneb det. 1787-93 stod maskinen stille, fordi den skulle repareres. Det har næppe generet borgmesteren, for han havde lånt indtægterne til opmudringen uden tilladelse og uden at betale renter. Den dårlige opmudring hæmmede postsejladsen, og i 1796 havde postvæsenet fået nok. På en tur fra Nyborg med førstedirektøren for postvæsenet gik postjagten på grund i havnen, og dette meget belejlige uheld satte skub i sagen. 1797 blev Korsør havn fjernet fra magistratens tilsyn og i stedet lagt under en selvstændig havnekommission, hvor bl.a. borgmesteren og postføreren havde sæde.
I årene efter 1797 blev der udført en række arbejder i havnen, bl.a. anlagt en vinterhavn nord for Nybro, senere kendt som Madam Sommers Hul. 1811-13 blev der lånt penge til havneanlæg, 1812 købte man en muddermaskine, der kunne opmudre uden for havnen, og i 1816 blev den gamle muddermaskine fra 1760’erne erstattet med en ny. Endelig blev der omkring 1839 bygget et bassin syd for Nybro, det senere Strøbechs Hul.
