Provinsens tonnage blev fordoblet i løbet af den sidste del af 1700-tallet; men det kom ikke Korsør til gode. Her var i 1740 15 skibe med en samlet tonnage på 158 kommercelæster, og i 1760 havde byen en flåde på 213 kommercelæster. Herefter faldt skibstallet, og i 1801 var her kun 5 skibe på i alt 45 kommercelæster. Samtidig ændrede besejlingen karakter. I 1730’erne var den meget orienteret mod Norge. Af den indkomne tonnage kom 40 % fra Norge, og en lige så stor del var Korsørskibe. I århundredets slutning havde Norge mistet terræn til Hertugdømmerne og især til København, og kun 20 % var skibe fra Korsør.
Korsørs skibsfart var ved at blive udkonkurreret af skibe fra Ærø, der i 1798 udgjorde 20 % af den indkomne tonnage. Konkurrencen fra Ærø, som både købmænd og søfolk i Korsør kunne mærke, gav sig udslag i den eneste batalje, borgervæbningen vides at have deltaget i. En parade for kronprinsen i 1802 blev afsluttet på et par af byens værtshuse, og her besluttede man, at marstalskipperne skulle have en lærestreg. Under råbet ”Til Nybro! Til Nybro!” for ca. 50 mand til havnen med borgervæbningen i spidsen i fuld uniform og med dragne sabler. I havnen huggede flokken fortøjningerne over på 5-6 jagter, der drev ud i havnen, og tumulten standsede først, da en skipper råbte: ”I har slagen mig fordærvet.” Herefter fulgte en langvarig retssag mod de gæve krigere.
I 1837 var Korsørs handelsflåde på 17 skibe med en drægtighed på i alt 415 kommercelæster. Op mod 1850 steg tonnagen, og det skyldtes først og fremmest skibsrederen Jørgen Kruuse. Korn var stadig den vigtigste vare, der blev sejlet fra Korsør. Udførslen svingede. Den lå på 18.000 tdr. i 1820 og 56.000 tdr. i 1843. Blandt de indførte varer optrådte nu også stenkul. Norge, København og Slesvig var stadig vigtige områder for sejladsen på Korsør; men ved siden heraf voksede betydningen af England og Holland. Handelen med Holland var dog ofte indirekte handel med England.