Offentlige virksomheder har vundet indpas ved havnen på bekostning af private firmaer. Søkabeldepotet flyttede 1984 til en nyopført bygning på et opfyldt areal i Yderhavnen. Den største offentlige virksomhed er Flådestationen. Den var foreløbig fuldt udbygget i 1963. Mange korsoranere følte, at den kolde krig med truslen fra øst var rykket tæt på med tilstedeværelsen af en flådestation i byen. En påmindelse var også de kanoner, der fra 1963-64 til 1980’erne var anbragt bl.a. på byens høje siloer som led i nærforsvaret af flådestationen. Dennes hovedopgave var alle former for forsyninger og vedligeholdelsestjeneste til flådens skibe og landetablissementer på Vest- og Sydsjælland samt Fyn. Store Magasin på Fæstningen var indtil 1993 indrettet som depot for forsyninger.
I 1989 blev det bestemt, at dele af søværnets aktiviteter på Holmen skulle flyttes til Korsør, og fra 1990 blev flådeenheder stationeret her. Flådestationen blev i 1993 genindviet efter udbygning som følge af udflytningen. Den overtog i 1992 dele af Scanglaskomplekset og benytter kajarealet her. Arealerne i Yderhavnen, som Vognmandsruten tidligere benyttede, er siden 1999 udlejet til Flådestationen. Fra omkring 1980 tog stationen sig også af miljøtjeneste, og flere af miljøskibene er stationeret i Korsør.