Retsplejen varetog byøvrigheden også. Byøvrigheden var foruden borgmester og rådsmedlemmer byfogden. Han stod i 1500-tallet lavere i anseelse end rådet, der udnævnte ham, dog ikke uden en vis indblanding fra kongens side. Efter 1660 udnævntes han af kongen, og hans anseelse steg, så han efterhånden kom til at stå på lige fod med rådet. Efter enevælden blev retsplejen på mange måder mere betydningsfuld end bystyret. Mens han tidligere var blevet aflønnet som rådsmedlemmerne, blev stillingen nu mere en levebrødsstilling, og i mindre byer havde han indtægter, som han i store træk kunne leve af.
Købstadsforordningen 1682 bestemte, at der i alle byer skulle være en byfoged og en byskriver. Byfogden skulle som kongens repræsentant indkræve skatter, renter, bøder og andet, der tilfaldt kongen, og han skulle sørge for opretholdelse af retstilstanden, især som dommer i bytinget.