Dele af byen brændte ved to brande i oktober og november 1701, og de skadelidte søgte kongen om hjælp. Stiftamtmanden bedømte ikke skaden til at være særlig stor; men i marts 1703 bestemte kongen, at de brandlidte skulle have skattefrihed og nedslag i konsumtionen i ti år, samt at de i ti år skulle have udbetalt byggehjælp af konsumtionen. Branden var muligvis påsat. I 1702 fik magistraten ordre til at true to mistænkte kvinder med tortur for at få dem til at tilstå. Det skulle ske ”udi skarpretterens overværelse, som sine hørige instrumenter skal have til stede og på rede hænde”. Senere på året blev de to dømt til landsforvisning på landstinget.
Møllebjerggade (Fiskergade) blev ramt af en brand i maj 1761, der ødelagde 27 huse, og ilden havde nær brudt ind i Baggade. Kort efter branden vedtog et rådstuemøde at samle ind til ofrene. Store brande var ikke forbeholdt byerne. I maj 1762 brændte præstegården, degneboligen, 6 gårde og 5 huse i Vemmelev som følge af et skud affyret i kådhed. Ét barn brændte inde, og to voksne fik alvorlige brandsår.
